W proteście przeciwko takiemu działaniu władz ZHP, w akcie solidarności z usuniętymi harcmistrzami, z Chorągwi Warszawskiej odeszło ok. 100 instruktorów harcerskich. W przeddzień wybuchu wojny warszawskie harcerstwo zostało pozbawione kadry.
Konspiracyjna organizacja „Wigry” powstała 30 października 1939 roku z inicjatywy harcmistrzów: Władysława Ludwiga „Kamila”, Witolda Sosnowskiego „Witolda”, Czesława Tomasika „Czesława”, Eugeniusza Konopackiego „Trzaski” i Romana Kaczorowskiego „Prokopa”. Według ich koncepcji „Wigry” miały być wojskową organizacją kadrową, a na wypadek otwartych działań zbrojnych wystawić batalion wojska. Do wiosny 1940 roku udało się pozyskać do organizacji ok. 100 harcmistrzów, podharcmistrzów i działaczy harcerskich. Plany te udało się zrealizować w 1943 roku, „Wigry” liczyły 250 osób, zorganizowanych w dwie kompanie.
Okres konspiracji 30 października 1939 roku utworzono komendę harcerskiej organizacji wojskowej, pod nazwą „Wigry”, której celem było przygotowanie się do walki zbrojnej z niemieckim okupantem. Przez cały okres konspiracji organizacja działała równolegle do innych organizacji harcerskich: Szarych Szeregów, Hufców Polskich i organizacji harcerek Bądź Gotów.