Chrześcijańską Demokrację III RP wykreślono z ewidencji partii politycznych (gdzie była wpisana pod numerem 3) wiosną 2003 z powodu braku sprawozdań finansowych za poprzednie lata. 12 maja 2004 została ponownie zarejestrowana (pod numerem 176; z wniosku Lecha Wałęsy, Gniewomira Rokosz-Kuczyńskiego i Piotra Dwornickiego). W wyborach do Parlamentu Europejskiego w następnym miesiącu działacze ChDRP Gniewomir Rokosz-Kuczyński, Wojciech Żebrowski i Piotr Dwornicki startowali z list Narodowego Komitetu Wyborczego Wyborców (pod przywództwem Macieja Płażyńskiego), który nie uzyskał mandatów. Działalność partii następnie zamarła.
W późniejszych latach część środowiska ChDRP zbliżyła się do Prawicy Rzeczypospolitej. Pozostający jednym z liderów ugrupowania Gniewomir Rokosz-Kuczyński był jednocześnie pełnomocnikiem okręgowym partii Marka Jurka w Krakowie. W wyborach parlamentarnych w 2011 Bogumiła Zwolińska z ChDRP kandydowała z podkrakowskiej listy Prawicy do Sejmu.