Nie udało mu się jednak przekonać do tego generała Bolesława Roi, który zobowiązał się tylko do podporządkowania Piłsudskiemu, na wypadek jego zwolnienia z internowania.
Moraczewski wszedł także w skład powołanej 28 października 1918 Polskiej Komisji Likwidacyjnej, której celem była likwidacja stosunków państwowo-prawnych łączących Galicję z Austrią oraz utrzymanie bezpieczeństwa i spokoju publicznego do czasu utworzenia niepodległego państwa polskiego.
Premier mały|upright=1.2|Rząd Jędrzeja Moraczewskiego po zaprzysiężeniu 18 listopada 1918. Od lewej siedzą: Stanisław Thugutt, Jędrzej Moraczewski, Ksawery Prauss, Józef Piłsudski, Leon Supiński i Leon Wasilewski stoją od lewej: Bronisław Ziemięcki, Tomasz Arciszewski, Marian Malinowski, Medard Downarowicz, Franciszek Wójcik, Antoni Minkiewicz (N.N.), Błażej Stolarski, Franciszek Wojda, Jerzy Iwanowski, Stanisław Stączek, Tomasz Nocznicki Archiwum Akt Nowych mały|Moraczewski jako wicemarszałek Sejmu