Młodość Był synem Macieja Moraczewskiego, architekta i budowniczego oraz Anieli z Pomorskich, która zmarła po jego narodzinach z powodu gorączki poporodowej. Miał siostry Anielę i Franciszkę. Jego stryjecznym dziadem był XIX-wiecznym historyk, publicysta i działacz społeczny, również Jędrzej (1802–1855).
Rodzina Moraczewskich często podróżowała, zmieniając miejsce zamieszkania. Po wyjeździe z Trzemeszna mieszkali w Pleszewie, później Bydgoszczy i Krakowie, Na dłużej osiedlili się we Lwowie, gdzie Jędrzej uczył się i zdał maturę w III Gimnazjum, a następnie studiował na tamtejszej politechnice.
Działalność polityczna Podczas nauki działał w studenckiej organizacji samopomocowej Bratnia Pomoc, organizując nielegalną grupę samokształceniowo-niepodległościową. Na początku studiów jego stosunek do socjalizmu był niechętny. Później jednak zmienił zdanie na temat tej ideologii, zorganizował m.in. strajk studencki w proteście wobec usunięcia kolegi z uczelni za prowadzenie działalności socjalistycznej. W tym okresie doszedł do przekonania, że w walce narodowowyzwoleńczej należy wykorzystać najliczniejsze warstwy narodu polskiego, tzn. chłopów i robotników.