Inspiracja Świętą Anną Samotrzecią Leonarda da Vinci jest dostrzegalna na obrazie Madonna Terranuova. Piękna Ogrodniczka stanowi syntezę sukcesów malarskich Leonarda oraz modelunku w duchu Michała Anioła. Malując w 1505 roku Portret Maddaleny Doni Rafael inspirował się Mona Lisą Leonarda da Vinci. Portret ten przedstawia Maddalenę Strozzi, żonę Agnola Doniego. Po ukończeniu tego obrazu Rafael namalował Portret Agnola Doniego, na którym częściowo odszedł od wzorów Leonarda.
Twórczość we Florencji thumb|upright|Sen Scypiona thumb|upright|Trzy Gracje We Florencji zaczął kształtować się styl i tematyka dzieł Rafaela. Malarz zaczął stopniowo odchodzić od tematyki religijnej, skupiając się przede wszystkim na tematach klasycznych. Na obrazach zaczął ukazywać poczucie harmonii i spokoju w przyrodzie, powagę, wdzięk i piękno postaci ludzkich. W 1504 roku namalował Portret młodzieńca z jabłkiem. Przypuszczalnie na obrazie został uwieczniony Francesco Maria Della Rovere. W latach 1504–1505 powstał Sen Scypiona (również Sen rycerza), interpretowany jako przedstawienie snu Scypiona Afrykańskiego Młodszego. W tych samych latach Rafael namalował Trzy Gracje.