Władze Organem jednoosobowym uczelni jest Rektor, a organami kolegialnymi Uczelni są: Rada Uczelni, Senat i rady dyscyplin naukowych. Rektor kieruje działalnością uczelni i reprezentuje ją na zewnątrz oraz jest przełożonym pracowników, studentów i doktorantów. Rektor kieruje działalnością uczelni przy pomocy pięciu prorektorów. W skład Rady Uczelni wchodzi 6 osób powołanych przez Senat (w tym 3 osoby spoza wspólnoty uczelni) oraz przewodniczący samorządu studenckiego. W skład Senatu wchodzą: rektor jako przewodniczący Senatu; profesorowie i profesorowie uczelni, nauczyciele akademiccy, pracownicy niebędący nauczycielami akademickimi, studenci i doktoranci, po jednym studencie z każdego wydziału oraz co najmniej jeden przedstawiciel doktorantów. W dyscyplinie naukowej, która uzyska kategorię co najmniej B+, tworzona jest rada dyscypliny naukowej. W AGH funkcjonuje 17 rad dyscyplin naukowych.

Władze rektorskie Kadencja 2024–2028: Rektor – prof. dr hab. inż. Jerzy Lis Prorektor ds. Kształcenia – prof. dr hab. inż. Krzysztof Mendrok Prorektor ds. Nauki – prof. dr hab. inż. Marek Gorgoń Prorektor ds. Współpracy – prof. dr hab. inż. Rafał Wiśniowski Prorektor ds. Ogólnych – prof. dr hab. inż. Tadeusz Telejko Prorektor ds. Studenckich – prof. dr hab. inż. Rafał Dańko