Dzięki doprowadzeniu elektryczności zainstalowano na stacji dźwig węglowy, a ponadto zbudowano perony wraz z tunelem.
Wraz z wybuchem II wojny światowej nad Gnieznem dokonywały się naloty. Już 4 września zniszczono koszary wojskowe, a w następnych dniach linie kolejowe. 6 września w wyniku bombardowania zniszczona została stacja, parowozownia oraz kilka parowozów. Jeszcze w okresie wojny dokonano ich odbudowy - w 1940 roku w wyniku obrad specjalnej komisji zatwierdzono plan „Otto”, który miał na celu odbudowę oraz przebudowę linii kolejowych, modernizację i rozbudowę stacji kolejowych oraz - w przypadku Gniezna - modernizację i rozbudowę parowozowni. Dzięki programowi „Otto” oprócz rozbudowy i modernizacji linii kolejowych oraz parowozowni dokonano budowy kładek drogowych, instalacji telekomunikacyjnych, przebudowy i elektryfikacji domów kolejowych, noclegowni, wagonowni.
Ponadto, w ramach programu „Otto”, w celu odciążenia stacji w Poznaniu postanowiono rozbudować dworzec towarowy w Gnieźnie.