Trzy lata po zawarciu pokoju westfalskiego, w 1651, ostatni pastor ewangelicki opuścił Zieloną Górę i oba kościoły przeszły w posiadanie katolików.
Katastrofy Po pożarze, który strawił kościół w 1419, powstała ceglana konstrukcja widocznej do dziś halowej bryły kościoła. Zachowane do dziś elementy gotyckie widoczne są w elewacji, w przyporach, w południowym portalu i niektórych oknach z ich ostrołukowym kształtem, a także wewnątrz, gdzie widoczne są gotyckie arkady międzynawowe, łuk tęczowy i portale.
Kościół palił się jeszcze kilkakrotnie, m.in. w wielkim pożarze miasta w 1582 (spłonął wówczas także kościół św. Jana) runęło sklepienie, a także w 1627 i 1651. Po tym ostatnim, bardzo dotkliwym, kościół odbudowywano ćwierć wieku. W tym czasie m.in. mniejsze, półkoliste okna kościoła zastąpiły dotychczasowe gotyckie, podwyższono mury, a dotychczasowy wspólny dach dwuspadowy nakrywający całą świątynię zastąpiono łączonym, oddzielnym dla nawy głównej i dla naw bocznychZdzisław Janek, Zielona Góra 2001–2002 plan miasta ..