Swój udział w wyborach Marek Borowski zakończył w I turze. Po wycofaniu się Włodzimierza Cimoszewicza poparcia udzielił mu odchodzący prezydent Aleksander Kwaśniewski. Na byłego marszałka Sejmu zagłosowało 1 544 642 wyborców (10,33%), co wystarczyło do zajęcia czwartego miejsca. W II turze wyborów udzielił swojego poparcia Donaldowi Tuskowi.

Działalność od 2005 mały|Marek Borowski z warszawskimi samorządowcami na uroczystości odsłonięcia muralu upamiętniającego Agnieszkę Osiecką (2023) Po wyborczej porażce jako przewodniczący SDPL uczestniczył w 2006 w tworzeniu koalicji Lewica i Demokraci celem wspólnego udziału w wyborach samorządowych. W tych wyborach bezskutecznie ubiegał się o stanowisko Prezydenta Warszawy z ramienia nowej koalicji, zajmując trzecie miejsce (przegrywając z Kazimierzem Marcinkiewiczem i Hanną Gronkiewicz-Waltz), zdobywając 22,61% poparcia (159 043 głosów). 17 listopada poinformował na konferencji prasowej, że nie popiera żadnego z kandydatów. Jednak tydzień później, w przeddzień ciszy wyborczej, zapowiedział oddanie głosu na kandydatkę PO.