Babka Mary Ann Rosen (córka Abrahama Rosena i Bessie Cohen) urodziła się w Nowym Jorku w rodzinie rosyjskich Żydów.
Shia został ochrzczony w Angelus Temple. Jego ojciec, weteran wojny wietnamskiej, pracował dorywczo w wielu nowych miejscach pracy i był uzależniony od heroiny, w latach 1981–1983 odbył karę więzienia za zbrodnię określaną jako „napaść z zamiarem dokonania gwałtu”. Rodzice LaBeoufa w końcu rozwiedli się z powodu problemów finansowych.
Uczęszczał do 32nd Street Visual USC Performing Arts Magnet (LAUSD), ukończył Alexander Hamilton High School w Los Angeles.
Kariera Przed rozpoczęciem kariery aktorskiej, LaBeouf pracował jako komik. W wieku dziesięciu lat zaczął występować w sąsiednich klubach ze stand-up. Później przez Yellow Pages znalazł agenta i własnego menedżera. Mając dwanaście lat, w 1998 zadebiutował w komedii telewizyjnej Śniadanie z Einsteinem (Breakfast with Einstein) u boku Thomasa Gottschalka, Cheecha Marina, Priscilli Presley i Bena Fostera, Bożonarodzeniowa ścieżka (The Christmas Path) z Dee Wallace i Vincentem Spano oraz przygodowej komedii kryminalnej Małpi biznes (Monkey Business) z udziałem Billy’ego Drago i Jaya Thomasa. Pojawił się także w jednym z odcinków sitcomu NBC Karolina w mieście (Caroline in the City, 1998).