We wrześniu 1998 ponownie został premierem, gdy Partia Narodowa zwyciężyła w przedterminowych wyborach parlamentarnych. Zapewnił sobie reelekcję również w wyniku wyborów w 2003. W okresie urzędowania zakończył negocjacje akcesyjne Malty z Unią Europejską. W lutym 2004 ustąpił z funkcji lidera partii, a w marcu 2004 zakończył urzędowanie na stanowisku premiera oraz wykonywanie mandatu poselskiego.
4 kwietnia 2004 został nowym prezydentem Malty, jego pięcioletnia kadencja zakończyła się 4 kwietnia 2009.
Żonaty z Mary, ma pięcioro dzieci; jego syn Beppe Fenech Adami również zajął się działalnością polityczną.
Odznaczenia Narodowy Order Zasługi (1990) Krzyż Wielki Orderu Infanta Henryka (Portugalia, 1994) Krzyż Wielki Orderu Piusa IX (Watykan, 1995) Order Krzyża Ziemi Maryjnej I klasy (Estonia, 2003) Order Trzech Gwiazd I klasy (Łotwa, 2004) Łańcuch Orderu Gwiazdy Rumunii (Rumunia, 2004) Krzyż Wielki z Łańcuchem Orderu Zasługi Republiki Włoskiej (Włochy, 2005) Krzyż Wielki z Łańcuchem Orderu Łaźni (Wielka Brytania, 2005) Krzyż Uznania I klasy (Łotwa, 2006) Wielki Order Króla Tomisława (Chorwacja, 2006) Order Księcia Jarosława Mądrego I klasy (Ukraina, 2008) Wielki Łańcuch Orderu Infanta Henryka (Portugalia, 2008) Order Orła Białego (Polska, 2009)Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 23 stycznia