1 marca 2003 W 1999 wzięła rozwód z Michelem Georgea, po siedmiu latach małżeństwa. To zainspirowało ją do nagrania kolejnego albumu. Drugi francuskojęzyczny album Désirs contraires, który został wydany we wrześniu 1999. Erick Benzi znów zajął się produkcją albumu. Chociaż płyta zawierała kilka kompozycji Anggun, nie zdołała powtórzyć sukcesu poprzedniego albumu. Désirs contraires trafił na 48. miejsce French Albums Chart i został sprzedany w ilości 30 tys. egzemplarzy we Francji. Album promowały tylko dwa single: „Un geste d’amour” i „Derrière la porte”. Żaden z nich nie osiągnął komercyjnego sukcesu, chociaż „Un geste d’amour” trafił na 62. miejsce French Singles Chart.
Anglojęzyczna wersja albumu, „Chrysalis”, osiągnęła większy sukces. Album został wydany krótko po premierze Désirs contraires. Ukazał się w 15 krajach, natomiast nie w Stanach Zjednoczonych z powodu słabych wyników sprzedaży pierwszej płyty. Płytę promował utwór „Still Reminds Me”, który osiągnął wysokie miejsca na airplay w Azji i Europie. Stał się jej trzecim hitem, który trafił na 1. miejsce indonezyjskich list przebojów oraz trzecim, który trafił do najlepszej 20 singli we Włoszech (gdzie zajął 17. miejsce).