We wrześniu połowie 1940 struktury pułku zostały podporządkowane dowódcy Obwodu Żoliborz ZWZ mjr. Mieczysławowi Niedzielskiemu „Boruta”. Wraz z rozwojem Obwodu struktury zostały przyporządkowane Rejonowi 1 Obwodu. Dotychczasowe zawiązki batalionów zostały przekształcone w plutony: Pluton 201 – dowódca por. Eugeniusz Muszyński „Paweł”, składał się w większości z pracowników kolei. Pluton 202 – dowódca st. sierż. Tadeusz Magier „Żytomirski”; Pluton 204 – dowódca ppor. Jan Zdziernicki „Bogdan” (aresztowany w 1942), ppor. Wacław Wysocki „Piotr”; Pluton 206 – dowódca ppor. Witold Jabłonowski-Grzymała „Marek”; Pluton 207 dowódca NN „Zdzisław”.

Do końca 1941 stan oddziału wynosił 250 żołnierzy. W pierwszej połowie 1942 przydzielono do oddziału pluton młodzieży z organizacji Polska Niepodległa złożonej z młodzieży Bielan i z Marymontu, tworząc Pluton 203 pod dowództwem chor. Michała Hurła „Vis”.

Po zmianach w kierownictwie rejonu w 1942 dowództwo oddziałów 25 lipca 1942 objął por. Marian Kamiński „Jur”. W 1943 utworzono dwa nowe plutony: Pluton 208 – dowódca por. Stanisław Witomski „Jacek”. Pluton złożony był z policjantów Policji Polskiej GG; Pluton 209 – dowódca st. sierż. Władysław Bożyk „Bondar” z Polskiej Organizacji Zbrojnej.