W 1942 znalazł się w grupie Augusta Michałowskiego ps. „Roman”, która była przeciwna scaleniu NOW z Armią Krajową. Następnie wszedł w skład tymczasowej Komisji Rządzącej SN oraz Komendy Głównej Narodowych Sił Zbrojnych, których był współorganizatorem.
W latach 1943–1944 był członkiem konspiracyjnego Zarządu Głównego SN, gdzie pełnił funkcję kierownika Wydziału Organizacyjnego.
W I kwartale 1944 należał do grupy opowiadającej się za podporządkowaniem NSZ Komendzie Głównej AK, do czego doszło w kwietniu 1944. Wówczas w NSZ nastąpił rozłam na część, która scaliła się z AK oraz NSZ-ONR, wywodzącą się z dawnego Związku Jaszczurczego, będącego emanacją Obozu Narodowo-Radykalnego, która była temu przeciwna. Skutkiem umowy scaleniowej było również zjednoczenie podzielonych od powstania NSZ w 1942 frakcji SN – Władysław Pacholczyk wszedł w skład Zarządu Głównego SN „Kwadrat”. Po upadku powstania warszawskiego przebywał w Radomiu, Kielcach, Skarżysku i Częstochowie, gdzie nawiązywał kontakty organizacyjne z NSZ i Narodowym Zjednoczeniem Wojskowym.