Latarnia morska Gdańsk Nowy Port była jednocześnie wieżą pilotów portowych i mieściła na swym szczycie zamontowaną w 1893 r. Kulę Czasu. Podniesienie i spadek kuli w każde południe pozwalało nawigatorom statków stojących na redzie portu na ustalenie poprawki chronometrów okrętowych, żeby później móc dokładnie określić położenie statku na otwartym morzu. Kula została usunięta i dopiero w 2008 roku została zrekonstruowana i ponownie umieszczona na szcycie latarni.
1 września 1939 roku strzałem z okna latarni dano znak żołnierzom znajdującym się na okręcie „Schleswig-Holstein” do rozpoczęcia ostrzału Westerplatte. Kilka chwil później z Westerplatte padły dwa strzały armatnie. Pierwszy chybił, drugi trafił w budynek latarni, likwidując stanowisko CKM-u. Do dziś widać miejsca z nową jasną cegłą.
Wraz z uruchomieniem latarni w gdańskim Porcie Północnym, w 1984 roku została wyłączona. Obecny, prywatny właściciel wyremontował latarnię i od 2004 udostępnił zwiedzającycm.