B. Mk I – napędzany silnikami Rolls-Royce Merlin 85 B. Mk II – napędzany silnikami Packard Merlin 68 B. Mk XV – wersja budowana w Kanadzie (ukończono 1 samolot) B. Mk 30 – wersja budowana w Australii (w fabryce Government Aircraft Factory – GAF), silniki Merlin 85 B. Mk 30A – wariant z mocniejszymi silnikami Rolls-Royce Merlin 102 GR. Mk 31 (GR.31) – australijski wariant patrolowy morski przeciw okrętom podwodnym, załoga 11 osób (19 sztuk)
Służba Samoloty Lincoln używane były przez lotnictwo brytyjskie (RAF) i australijskie (RAAF, 73 sztuki), a także argentyńskie (30 sztuk). Trzy samoloty testowane były w Kanadzie. Pomimo że były znacznie mniej nowoczesne od używanych równocześnie amerykańskich Boeing B-29 Superfortress (pod nazwą Washington), Lincolny stanowiły podstawę brytyjskiego lotnictwa strategicznego do połowy lat 50., kiedy jako całkowicie przestarzałe zostały zastąpione przez bombowce odrzutowe serii „V”. Używane były również do lotów rozpoznawczych, głównie nad NRD. 12 marca 1953 jeden Lincoln w czasie lotu treningowego został zestrzelony w okolicy Berlina, na granicy stref przez radzieckie myśliwce, załoga zginęła.