Dowództwo 16 Pomorskiej Dywizji Zmechanizowanej im. Króla Kazimierza Jagiellończyka w Elblągu; 1 Warszawska Brygada Pancerna im. Tadeusza Kościuszki w Wesołej, Chełmie, Zamościu i Siedlcach; 9 Brygada Kawalerii Pancernej im. Króla Stefana Batorego w Braniewie; 15 Giżycka Brygada Zmechanizowana im. Zawiszy Czarnego w Giżycku i Orzyszu; 20 Bartoszycka Brygada Zmechanizowana im. Hetmana Polnego Litewskiego Wincentego Gosiewskiego w Bartoszycach i Morągu; 16 Batalion Dowodzenia Ziemi Elbląskiej w Elblągu;
W październiku 2013 roku zostały przyjęte w podporządkowanie pułki rodzajów wojsk: 11 Mazurski pułk artylerii w Węgorzewie; 15 Gołdapski pułk przeciwlotniczy w Gołdapi.
Od 1 stycznia 2014, w związku z rozformowaniem Dowództwa Wojsk Lądowych, dywizja przeszła w podporządkowanie Dowództwa Generalnego Rodzajów Sił Zbrojnych.
W 2017 roku Ministerstwo Obrony Narodowej podjęło decyzję o zmianie dyslokacji dowództwa 16 Dywizji do Białobrzegów, miało to związek z utworzeniem w Elblągu dowództwa Wielonarodowej Dywizji Północny Wschód. Decyzja jednak została z czasem zmieniona i z końcem 2019 Dowództwo 16 Pomorskiej DZ mieści się przy ulicy Jagiellońskiej 53 w Olsztynie.