Jako minister finansów był odpowiedzialny za przeprowadzenie w Polsce transformacji z gospodarki planowo-socjalistycznej do społecznej gospodarki rynkowej. Tzw. plan Balcerowicza umożliwił rozpoczęcie w latach 1990–1991 szybkiego programu reform. W ciągu półtora roku doprowadzono do zdławienia hiperinflacji, urealniono kurs walutowy złotego, wprowadzono jego wewnętrzną wymienialność, przeprowadzono reformę systemu bankowego, zrównoważono detaliczny rynek wewnętrzny, rozpoczęto reformy podatkowe i ubezpieczeniowe, które były później kontynuowane przez kolejnych ministrów. Taki sposób przeprowadzenia transformacji był później naśladowany z różnym skutkiem w innych państwach byłego bloku wschodniego.
Według części opracowań wolnorynkowe reformy gospodarcze z początku lat 90. przyczyniły się do przekształcenia polskiej gospodarki w jedną z najlepiej prosperujących gospodarek w regionie. Krytycznie oceniali je za to m.in. późniejszy minister finansów Grzegorz Kołodko, a także Tadeusz Kowalik czy Karol Modzelewski, którzy wskazywali na negatywne skutki transformacji związane z dominacją modelu neoliberalnego.