W rządzie Jerzego Buzka po raz trzeci objął stanowiska wicepremiera i ministra finansów, zajmując je w okresie od 31 października 1997Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 31 października 1997 r. o powołaniu w skład Rady Ministrów (). do 8 czerwca 2000Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 8 czerwca 2000 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ()., tj. do czasu rozpadu koalicji AWS-UW.

Jesienią 2000 zrezygnował z kandydowania na kolejną kadencję przewodniczącego Unii Wolności. 22 grudnia tego samego roku został wybrany przez Sejm na prezesa Narodowego Banku Polskiego (kończąc w konsekwencji wykonywanie mandatu poselskiego). Pełnił tę funkcję od 10 stycznia 2001 do 10 stycznia 2007. Jako prezes NBP od 1 maja 2004 wchodził z urzędu w skład Rady Ogólnej Europejskiego Banku Centralnego. Z urzędu kierował Radą Polityki Pieniężnej oraz Komisją Nadzoru Bankowego.

W 2007 stanął na czele rady założonej przez siebie fundacji Forum Obywatelskiego Rozwoju, a w 2023 przez kilka miesięcy wykonywał obowiązki prezesa tej fundacji. Następnie ponownie objął funkcję przewodniczącego rady FOR.