Wtedy Zofia zrezygnowała ze swoich praw do tronu, do czego namówiła również swojego męża, a władza została przekazana zaledwie osiemnastoletniemu Franciszkowi Józefowi. Arcyksiężna odegrała w tym wszystkim niebagatelną rolę, dlatego w tamtym okresie nazywano ją „jedynym mężczyzną na dworze”. Do końca życia miała opinię kobiety silnej, o żelaznej woli.
Panowanie Franciszka Józefa alt=|mały|260x260px|Arcyksiężna Zofia, ok. 1860