Postępowanie dyscyplinarne wszczyna natomiast komisja dyscyplinarna na wniosek rzecznika dyscyplinarnego.
Ustawa w stosunku do postępowania przed sądem koleżeńskim nie posługuje się pojęciem postępowanie wyjaśniające oraz postępowanie dyscyplinarne, która określa je jedynie jako postępowanie przed sądem koleżeńskim. Art. 214 ust. 1 zd. 1 ustawy z 2005 r. stanowił, że rektor mógł, z inicjatywy własnej lub na wniosek organu samorządu studenckiego, wskazanego w regulaminie samorządu, przekazać sprawę do sądu koleżeńskiego zamiast przekazać ją rzecznikowi dyscyplinarnemu. Postępowanie przed sądem koleżeńskim było więc wszczynane jeszcze przed poleceniem rektora dla rzecznika dyscyplinarnego, chyba że wcześniej rzecznik dyscyplinarny prowadził postępowanie wyjaśniające i złożył rektorowi wniosek o przekazanie sprawy sądowi koleżeńskiemu. W literalnym brzemieniu ustawy z 2005 r. postępowanie przed sądem koleżeńskim nie było postępowaniem dyscyplinarnym (postępowanie dyscyplinarne wszczynała komisja dyscyplinarna). Wyjątkowo było tak nazywane w przepisie dot. posiłkowego stosowania przepisów Kodeksu postępowania karnego.