W ostatnich latach liczebność płomykówki w Polsce zmniejsza się. Jedną z głównych przyczyn jest ograniczanie ilości miejsc odpowiednich do założenia gniazda – przy okazji remontów wież kościelnych, strychów i stodół najczęściej zamyka się otwory wlotowe, z których korzystały ptaki. Ochrona gatunku powinna więc polegać przede wszystkim na pozostawianiu dostępu do miejsc dogodnych do założenia gniazda, a gdy jest to niemożliwe, na wieszaniu skrzynek lęgowych o specjalnej konstrukcji.
Inne zagrożenia to: intensyfikacja rolnictwa (w konsekwencji spadek liczby drobnych gryzoni – głównego pożywienia), stosowanie pestycydów (powodują zatrucia i zaburzenia w tworzeniu się skorupki jaj w ciele samicy), rozbudowa dróg (kolizje z samochodami), klimat (płomykówki często nie przeżywają ostrych zim), wypadanie piskląt z wysoko umiejscowionych gniazd.