Rankiem 2 września główne siły dywizji zostały ponownie zaatakowane przez niemiecką 5 DPanc. Około 200 czołgów zdołało przebić się przez pozycje 20 pp, rozbić III batalion, wyjść na tyły i rozbić artylerię dywizyjną. Zdołano uratować 17 dział lekkich i 4 ciężkie. W tej tragicznej sytuacji dowódca pułku rzucił w samobójczym ataku dla zatrzymania czołgów dwa bataliony 16 pp pod wsią Ćwiklice na otwartej przestrzeni, wskutek czego zostały one zniszczone (zobacz Bitwa pszczyńska). Pomimo ciężkich strat po obu stronach, dywizja wytrwała na pozycjach do 4 września, kiedy wraz z resztą Grupy Operacyjnej „Boruta” dostała zadanie odwrotu w kierunku przepraw na Dunajcu i Tarnowa.
W dniach 7 i 8 września dywizja walczyła w obronie przepraw na rzece w rejonie Biskupic Radłowskich. Chaos spowodowany rozbiciem sąsiedniej 21 DPGór. spowodował paraliż. Zdołał przeprawić się przez Dunajec tylko 16 pp. Przedwczesne wysadzenie mostu spowodowało jeszcze większą panikę i przemieszane oddziały 6 DP i 21 DPGór. ruszyły na północ, aby tam szukać kolejnych miejsc przepraw. Mimo wszystko dywizji udało się wyjść z okrążenia (Niemcy, czując respekt w stosunku do 6 i 21 DP – stracili do 16 czołgów – nie nacierali w czasie odchodzenia polskich jednostek, ograniczając się do nękania ogniem artylerii) i pomaszerować za San.