19 grudnia na tej samej skoczni był szósty. 8 stycznia w pierwszym konkursie po Turnieju Czterech Skoczni, na skoczni w Engelbergu Kantee był szesnasty, a dzień później dziewiąty. 22-23 stycznia w konkursach PŚ w Sapporo Ville Kantee zajął szóste i siódme miejsce. 26 stycznia w Hakubie stanął na najniższym stopniu podium, przegrywając jedynie z Jani Soininenem i Andreasem Widhölzlem. 5 lutego w Willingen Kantee wyprzedził tylko Hideharu Miyahirę i Roberta Mateję, przez co zajął 49. miejsce. Dzień później w konkursie na tej samej skoczni Fin był dziewiętnasty. 19 lutego na Kulm uplasował się na 27. pozycji. Po zakończeniu Turnieju Skandynawskiego, 19 marca na Velikance w Planicy zakończył konkurs na ósmym miejscu. W sezonie 1999/2000 Ville Kantee zdobył 836 punktów, co dało mu szóste miejsce.
Turniej Czterech Skoczni – 9. miejsce W pierwszym z turniejowych konkursów, 29 grudnia w Oberstdorfie, Ville Kantee zajął siódmą pozycję. 1 stycznia w Garmisch-Partenkirchen zajął jedno miejsce wyżej. Przegrał wówczas tylko z Andreasem Widhölzlem, Masahiko Haradą, Janne Ahonenem, Svenem Hannawaldem i Andreasem Goldbergerem. W trzecim spośród konkursów, 3 stycznia w Innsbrucku, Kantee zajął dziewiąte miejsce. Trzy dni później na skoczni w Bischofshofen był piętnasty.