W połowie XVI w. po śmierci Jana Zapolyi korona przypadła jego żonie regentce Siedmiogrodu, Izabeli Jagiellonce, która oddała ją Habsburgom. Od tego czasu Korona Świętego Stefana przechowywana była najpierw w Wiedniu, później w Pradze, żeby od 1608 r. znaleźć swoje miejsce w skarbcu na zamku w Preszburgu. W XVII w. ze względu na działania wojenne była kilkakrotnie ukrywana i przenoszona. W 1644 r. przewieziono ją do Győr, gdy wojska siedmiogrodzkie Jerzego I Rakoczego okupowały Słowację. Z Preszburga wywieziono ją również w 1683 r. podczas najazdu tureckiego. Na początku XVIII w. była przechowywana w Wiedniu. Było to podyktowane potrzebą ukrycia insygniów koronacyjnych przed powstańcami węgierskimi dowodzonymi przez księcia Franciszka II Rakoczego.
mały|Tablica na zamku w Mukaczewie, upamiętniająca przechowywanie tam korony w latach 1805–1806 15 kwietnia 1784 na polecenie Józefa II Habsburga koronę wywieziono z Preszburga do Wiednia, co miało symbolizować centralizację monarchii. Na skutek opozycji Węgrów cesarz na łożu śmierci zmienił swoją decyzję i 18 lutego 1790 r. Korona Świętego Stefana została wywieziona z Wiednia. Od tego czasu przechowywano ją na zamku w Budzie.