Na Tu-22M3 poważną modernizację przeszła instalacja elektryczna samolotu. Podstawowy system zasilania – 6 generatorów prądu stałego o napięciu 27 V – został zastąpiony przez generatory prądu przemiennego o stałej częstotliwości, co osiągnięto dzięki zainstalowaniu na nowych silnikach NK-25 hydromechanicznych stabilizatorów obrotów. Zmiana ta wymuszona została przez zapotrzebowanie nowoczesnego osprzętu awionicznego na prąd stałoczęstotliwościowy i umożliwiła rezygnację z ciężkich elektromagnetycznych przetworników prądu przemiennego oraz pomocniczego zespołu napędowego do zasilania wentylatorów chłodzących hamulce kół. Ponadto na Tu-22M3 zamontowane są akumulatory niklowo-kadmowe (zastąpiły akumulatory ołowiowo-kwasowe).
Tu-22MR korzystają z lotniczego aparatu fotograficznego AFA-15 oraz zestawu sensorów wbudowanego w komorę bombową.
Tu-22M nie są przystosowane do działania na bardzo małej wysokości, ponieważ ich system radarowy nie ma możliwości śledzenia i automatycznego omijania przeszkód terenowych.