Wskutek braku święceń – jak wielu dawnych posiadaczy wyższych tytułów kościelnych – był świeckim zarządcą diecezji, ale interesował się także życiem kościelnym, wspierał zakony w duchu reformy soboru trydenckiego. W 1594 r. przeprowadził synod diecezjalny. Otaczał się na swoim dworze humanistami, sprowadził na Warmię także wielu Węgrów. Był miłośnikiem polowań. Ufundował w kościele franciszkanów w Barczewie własny (i brata Baltazara Batorego) cenotaf w stylu renesansowym (nie został jednak tam pochowany). Pozostawił bogaty księgozbiór, ale także długi, spłacane potem przez jednego z następców na tronie biskupim, Szymona Rudnickiego.
W 1599 roku stryjeczny brat Zygmunt Batory przekazał mu władzę w Siedmiogrodzie. Batory udał się tam, został jednak pokonany w trakcie walk o władzę w bitwie pod Sybinem przez hospodara wołoskiego Michała Walecznego. Podczas ucieczki do Mołdawii kardynał Batory zginął zamordowany przez chłopów seklerskich.
W diecezji warmińskiej zastąpił go sekretarz królewski Piotr Tylicki.
Przypisy
Bibliografia Reprint: Zakład Narodowy im.