W stosunkach wewnętrznych próbował ograniczyć wpływy wielkich bojarów, nieraz przeciwko niemu spiskujących (czy to popierających Piotra Arona, czy też innych pretendentów, m.in. w latach 1494–1495), na rzecz drobniejszej szlachty oraz żywiołu miejskiego, słabego jednak w Mołdawii z uwagi na brak większych ośrodków. Pamiętając także losy swego ojca i jego braci, pragnął uchronić swój kraj przed zamętem bratobójczych walk o tron, co też do pewnego stopnia mu się powiodło.
Stefan zmarł w Suczawie, otruty jakoby przez stronników sułtana. Został pochowany w monastyrze w Putnie, który ufundował w latach 1466–1469, wokół którego w 1481 wybudował fortyfikacje i który w 1498 odbudował po wielkim pożarze z 1484.
Jego następcą został jego syn Bogdan Ślepy. Na tronie zasiadł później również jeden z licznych nieślubnych synów Stefana, Piotr Raresz.