W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Goczałkowice-Zdrój. W latach 1973–1975 gmina Goczałkowice-Zdrój obejmowała również Ćwiklice i Rudołtowice. W latach 1975–1991 dzielnica Pszczyny. Od 1 stycznia 1992 ponownie w reaktywowanej gminie Goczałkowice-Zdrój (składającej się już z samych Goczałkowic-Zdroju).
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa katowickiego.
Nazwa miejscowości thumb|Goczałkowice na mapie Księstwa Oświęcimskiego i Zatorskiego – mapa Abrahama Orteliusa z 1603.
Po raz pierwszy nazwa Goczalkowice pojawia się w tekście z 1326 r. Heinrich Adamy w 1887 r. tłumaczył jej znaczenie jako wieś Gottschalka, Konstanty Damrot nazwę również wywodził od imienia Gottschalk. Według lokalnej legendy, nazwa miejscowości wywodzi się od imienia rycerza Goczała, który w nagrodę za czyny wojenne i zasługi na polach bitewnych otrzymał tu ziemię. Jego potomkowie przybrali miano Goczałkowiczów (Goczałkowickich), a miejscowość, która powstała w tym miejscu nosiła od ich imienia nazwę Goczałkowicze.
W dokumencie sprzedaży państwa pszczyńskiego wystawionym przez Kazimierza II cieszyńskiego w języku czeskim we Frysztacie w dniu 21 lutego 1517 roku wieś została wymieniona jako Koczialkowicze.