Wilhelm przyjął ten wybór z niezadowoleniem. Przez 4 lata wakatu na stolicy arcybiskupiej czerpał dochody z dóbr kościelnych i opóźniał wybór nowego hierarchy, za co był mocno krytykowany. Konsekracja Anzelma odbyła się w czasie, gdy król był poważnie chory. Od początku rozgorzał konflikt króla z arcybiskupem. Angielski kler, ściśle związany z królem, nie dawał Anzelmowi stabilnego oparcia. W 1095 r. Wilhelm zwołał synod do Rockingham, który miał pozbawić arcybiskupa urzędu. Azelm odwołał się jednak do Rzymu i pozostał na stanowisku. Król nie ustawał jednak w dążeniach do pozbycia się niewygodnego arcybiskupa i ten musiał w 1097 r. udać się na wygnanie. Anzelm udał się do Rzymu, gdzie przedstawił swoje skargi papieżowi Urbanowi II.
Papież nie miał jednak zamiaru robić sobie kolejnych wrogów wśród koronowanych głów Europy i zawarł z Wilhelmem konkordat, w którym uznawał panujący w angielskim Kościele status quo. Wilhelm mógł czerpać dochody z dóbr arcybiskupich, dopóki Anzelm pozostawał na wygnaniu. Niepokorny hierarcha wrócił do Anglii dopiero po śmierci króla.