Nazwa niemiecka Od lat 70. XIX w. miejscowość zaczęto nazywać Bad Altheide, akcentując w ten sposób funkcję uzdrowiska. Formalnej zmiany nazwy z Altheide na Altheide-Bad dokonano w 1925. W urzędowej niemieckiej nazwie miejscowości słowo Bad (pol. „zdrój”) umieszczono na końcu nazwy. Był to jedyny taki przypadek na niemieckim obszarze językowym. Pozostałe miejscowości uzdrowiskowe miały nazwy typu Bad Kudowa, Bad Ems itd., stąd potocznie często używano nazwy Bad Altheide zamiast oficjalnej.
Nazwa polska Po II wojnie światowej i przejęciu ziemi kłodzkiej przez polską administrację w maju 1945 przemianowano miasto na Puszczyków Zdrój od znaczenia „puszcza”, a znajdującej się ówcześnie poza miastem stacji kolejowej nadano nazwę Wrześniów (od „wrzosowiska”). W maju 1946 Komisja Ustalania Nazw Miejscowości ustaliła nazwę Polanica Zdrój (od kolejnego znaczenia słowa Heide). 7 maja 1946 nadano miejscowości polską nazwę Polanica Zdrój.