Okres nowożytny (XVI–XVIII w.) W 1595 kłodzki konwent augustianów rozpadł się, a jego dobra przejęło kłodzkie seminarium jezuickie. Jezuici przystąpili energicznie do zagospodarowywania wsi, osadzając nowych gospodarzy. Trzydzieści lat później podał w swojej Glaciographii (opisie ziemi kłodzkiej) wiadomość o istnieniu w okolicy wsi źródeł mineralnych. O Polanicy napisał: Tak też i z kwaśnego źródła w Polanicy obcy ludzie z odległych miejscowości (jako że jego siłę i użyteczność dobrze rozumieją i uznają) gromadnie czerpią i używają. Częstokroć zdarza się, gdy wytworne szlacheckie zaślubiny w sąsiednich krainach się szykuje, że owa woda z polanickiego kwaśnego źródła w sporych ilościach jest odbierana, a następnie wyśmienitemu winu przedkładana, czeladzi nie dając jej ani łyka, wino każąc im pić. Źródła te były nazywane źródłami ropuch, ponieważ często znajdowano w nich martwe żaby. Wskakiwały one do wody nic nie przeczuwając i na skutek wysokiej w niej zawartości kwasu węglowego, rozstawały się z życiem. Ale nadal nie były one wykorzystywane leczniczo. thumb|Widok na Wzgórze Klasztorne w centrum Polanicy-Zdroju W 1630 założono tu folwark, a w 1631 w Polanicy odnotowano już 16 gospodarzy płacących podatki kościelne. Zagospodarowaną przez jezuitów Polanicę zniszczyli i spalili (m.in.