Ekipa rządząca zachowała silne związki z dotychczasową metropolią.
Pierwszym prezydentem i premierem został Maurice Yaméogo. Jego nieudolna polityka i kryzys gospodarczy doprowadziły w styczniu 1966 roku do wojskowego zamachu stanu. W miejsce rządu władzę objęła Najwyższa Rada Wojskowa, z pułkownikiem Sangoulé Lamizaną na czele. W 1970 ogłoszono nową konstytucję, na jej mocy w 1971 Lamizana został prezydentem i powołano rząd cywilny. Kryzys polityczny związany z katastrofalną sytuacją gospodarki doprowadził w 1974 do powołania przez prezydenta wojskowego rządu obrony narodowej. W styczniu 1978, po wielu latach rządów wojskowych, powstał nowy rząd, w większości cywilny. W tym samym roku odbyły się wybory do Zgromadzenia Narodowego. W 1980 władzę ponownie objęła armia. Po kolejnym puczu w 1983 roku władzę przejął kapitan Thomas Sankara. Nowa junta nazwana Narodową Radą Rewolucyjną, powołała trybunały ludowe i rozpoczęła walkę z korupcją. W 1984 Sankara zmienił nazwę państwa na Burkina Faso (w języku mossi oznacza to „kraj uczciwych ludzi”). Przywódca obiecał stworzenie systemu sprawiedliwości społecznej i doprowadzenie do samowystarczalności żywnościowej kraju, wzorując się przy tym na wzorcach libijskich. Dwukrotnie, w latach 1974–1975 i w 1985, doszło do wojen z Mali.