150px|lewo|mały|Schemat obrazujący sposób odżywiania się Monosiga gracilis – według Saville-Kenta Termin Choanoflagellata został wprowadzony przez Williama Saville-Kenta w 1880. Klasyfikacja biologiczna tej grupy organizmów przez długi czas pozostawała niejasna. Zaliczano je w randze klasy Choanoflagellatea do grzybów (Fungi) lub do typu Choanozoa, w randze typu do protistów (Protista) lub Protozoa. Na podstawie badań genetycznych uznane zostały za klad należący do Opisthokonta. Obecność wici oraz podobieństwo do choanocytów skłaniało wielu badaczy (w tym Buck, 1990, Hausmann i Hülsmann, 1996 oraz Cavalier-Smith, 1987 i 1998) do postawienia hipotezy, że kolonijne Choanoflagellata mogły być przodkami zwierząt wielokomórkowych i grzybów. Sugerowały to również wyniki badania niektórych genów – stwierdzono, że u tych wiciowców występują geny niezbędne do sygnalizacji międzykomórkowej, czyli odpowiedzialne za powstawanie białek tworzących szlak przekazywania sygnału. Geny te nie występują obecnie u żadnych innych organizmów jednokomórkowych, natomiast występują u zwierząt wielokomórkowych.