9 grudnia 2017 został ponownie wybrany przez kongres na prezesa Solidarnej Polski. 11 grudnia 2017 został powołany na ministra sprawiedliwości w nowo utworzonym rządzie Mateusza Morawieckiego.
Jako minister sprawiedliwości zaangażował się w kreowanie zmian w sądownictwie, które legły u podstaw m.in. zapoczątkowanego w 2017 kryzysu wokół Sądu Najwyższego, który doprowadził do wieloletniego blokowania przez Komisję Europejską wypłaty środków dla Polski z Funduszu Odbudowy w ramach Krajowego Planu Odbudowy.
W latach 2017–2018 odwołał bez uzasadnienia i prawa do odwołania do sądu ok. 150 prezesów i wiceprezesów sądów, zastępując ich swoimi nominatami. Pozwalały mu na to przepisy przejściowe Ustawy o sądach powszechnych z 12 lipca 2017. W wyroku z 29 czerwca 2021 ETPC przyznał dwojgu usuniętym przez Ziobrę ze stanowisk wiceprezesów sędziom Sądu Okręgowego w Kielcach po 20 tys. euro za naruszenie art. 6 EKPC.