grupy trzymającej władzę. 24 września 2004 Sejm przyjął ten raport jako ostateczny raport komisji śledczej. Żadnej z tych osób, także po utracie władzy przez SLD, nie zostały postawione żadne prokuratorskie zarzuty. W 2008 prokurator umorzył postępowanie wobec przedawnienia karalności.
W wyborach samorządowych w 2002 ubiegał się jako kandydat PiS o stanowisko prezydenta Krakowa (nie wszedł do drugiej tury). W wyborach parlamentarnych w 2005 ponownie uzyskał mandat posła z okręgu krakowskiego, zdobywając 120 188 głosów, uzyskując tym samym najwięcej głosów w okręgu. Był szefem kampanii wyborczej Lecha Kaczyńskiego ubiegającego się o urząd Prezydenta RP.
Lata 2005–2007 31 października 2005 został powołany na stanowisko ministra sprawiedliwości i prokuratora generalnego w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza. Stanowiska te zachował również w rządzie Jarosława Kaczyńskiego. Z urzędu w tym czasie zasiadał w Krajowej Radzie Sądownictwa. W 2006 otrzymał tytuł Człowieka Roku tygodnika „Wprost”.