z lewej Agata Kornhauser-Duda W wyborach parlamentarnych w 2007 otrzymał ponownie najwięcej głosów w okręgu krakowskim (164 681)W samym Krakowie więcej głosów otrzymał Jarosław Gowin z PO.. 12 stycznia 2008 objął funkcję wiceprezesa Prawa i Sprawiedliwości.
W 2008 prokurator wystąpił o uchylenie jego immunitetu celem przedstawienia mu zarzutu przekroczenia uprawnień w związku z udostępnieniem Jarosławowi Kaczyńskiemu części akt sprawy tzw. mafii paliwowej w okresie urzędowania. 3 września tego samego roku Zbigniew Ziobro zrzekł się immunitetu poselskiego. 4 listopada 2009 śledztwo przeciwko niemu zostało jednak umorzone z powodu braku danych dostatecznie uzasadniających popełnienie przestępstwa.
W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2009 został wybrany w okręgu wyborczym Kraków na eurodeputowanego. Otrzymał 335 933 głosy, co stanowiło drugi wynik w kraju (za Jerzym Buzkiem z PO). W PE zasiadł w Komisji Prawnej. 24 lipca 2010 został ponownie wybrany na jednego z wiceprezesów PiS.