U podnóża budowli zachowały się ruiny pomieszczeń kapłańskich. Taki sposób budowania i zdobienia piramid został przyjęty przez inne plemiona Mezoameryki. W 1971 r., podczas prowadzonych prac badawczych, odkryto pod Piramidą Słońca tunel i komory. W 1998 r. na piątym poziomie Piramidy Księżyca znaleziono szczątki trzech osób. Planowane jest wykonanie badań Piramidy Słońca przy użyciu nowoczesnej aparatury – detektora mionów (cząstek elementarnych powstających na skutek promieniowania kosmicznego). Badania – które rozpoczęły się w lipcu 2008 r. – mają odpowiedzieć, czy we wnętrzu piramidy znajdują się wolne przestrzenie (komory grobowe).
Badania prowadzone w obrębie Piramidy Słońca odkryły podziemną jaskinię i jezioro w kształcie liścia koniczyny. Nie wiemy, czemu mogło służyć. Być może miało ono symbolizować mityczne praźródło, związane z początkami miastaJustyna Olko: Meksyk przed konkwistą, PIW, Warszawa 2010, s. 51–52..
Wzdłuż Alei Zmarłych powstało wiele świątyń i kompleksów ceremonialnych, jak w żadnym innym mieście Mezoameryki.