Lubił jeździć pociągiem. Często znikał z domu na kilka dni, a po powrocie nie mówił rodzinie, gdzie był. Często nocował po prostu w lesie. Został aresztowany w grudniu 1992 jako podejrzany o zabójstwo nastoletniej Sylwii, mające miejsce w lesie między miejscowościami Jezierze i Darżkowo, w czerwcu 1991. Biegli psychiatrzy po kilkumiesięcznej obserwacji stwierdzili u niego upośledzenie umysłowe i zaburzenia seksualne. Według policji Pękalski na wizjach lokalnych – opowiadając, jak gwałcił i mordował swoje ofiary – podawał takie szczegóły, które znać mógł jedynie morderca. Prokuratura próbowała udowodnić mu 17 morderstw, popełnionych między 1984 a 1992, jednak zdołała udowodnić tylko jedno, dokonane koło wsi Jezierze na 17-letniej Sylwii z Darżkowa, za co został skazany w 1996 na 25 lat pozbawienia wolności, mimo że rok wcześniej, w listopadzie 1995 przywrócono w polskim systemie prawnym dożywocie. W sali sądowej Pękalski wycofał się ze wszystkich złożonych wcześniej zeznań. Od 2007 mógł ubiegać się o warunkowe przedterminowe zwolnienie i robił to co roku, jednak zespół terapeutów negatywnie opiniował jego wnioski. Karę odbywał w Areszcie Śledczym w Starogardzie Gdańskim;