Udział w nagonce na ks. Jerzego Popiełuszkę Jak twierdzi Grzegorz Majchrzak, historyk Instytutu Pamięci Narodowej, Jerzy Urban odgrywał kluczową rolę w atakach propagandowych na ks. Jerzego Popiełuszkę i kreował negatywny wizerunek kapłana. Jako rzecznik prasowy rządu firmował politykę władz, a jednocześnie kryjąc się pod różnorakimi pseudonimami ostro atakował w prasie opozycję, udając niezależnego dziennikarza.
W grudniu 1983 w wyniku prowokacji Służby Bezpieczeństwa i podrzucenia do mieszkania Popiełuszki przy ulicy Chłodnej 15 w Warszawie nielegalnych ulotek, matryc i materiałów wybuchowych, kapłan został aresztowany oraz postawiono mu prokuratorskie zarzuty. Po wydarzeniu Urban zredagował spreparowany przez MSW artykuł pt. „Garsoniera obywatela Popiełuszki”, który ukazał się 27 grudnia 1983 na łamach Expressu Wieczornego i miał na celu zdyskredytowanie duchownego. Tekst wielokrotnie odczytywano w radiu, a jego skróconą wersję opublikowała Trybuna Ludu. W charakterze świadka był przesłuchiwany w śledztwie, którego przedmiotem było kierowanie zabójstwem ks. Jerzego Popiełuszki, gdzie zadano mu również pytania związane z „prowokacją na Chłodnej”. Nie udzielił on jednak żadnych istotnych informacji w tym zakresie.