Innocenty IX (, właśc. Giovanni Antonio Facchinetti de Nuce starszy; 20 lub 22 lipca 1519 w Bolonii, zm. 30 grudnia 1591 w Rzymie) – papież w okresie od 29 października do 30 grudnia 1591.
Życiorys Był synem Antonia Facchinettiego i Francesci Cini. Studiował na Uniwersytecie Bolońskim i 11 marca 1544 obronił doktorat utroque iure oraz przyjął święcenia kapłańskie. Był kanonikiem przy kościele św. Gerwazego i Protazego w Domodossola.
Po przybyciu do Rzymu został sekretarzem kardynała Nicolo Ardinghellego, a następnie kardynała Farnese, wkrótce wybranego na papieża. Już jako Paweł III, Farnese wysłał Facchinettiego do diecezji awiniońskiej jako administratora i wikariusza. W latach 1556–1558 Facchinetti był gubernatorem Parmy. Po powrocie do Rzymu pracował w kancelarii listów apostolskich oraz został referendarzem Trybunału Apostolskiej Sygnatury Sprawiedliwości i Apostolskiej Sygnatury Łaski (1559). 26 stycznia 1560 mianowany biskupem Nicastro, był pierwszym od 30 lat zwierzchnikiem tej diecezji, który sprawował rządy osobiście. Brał udział w soborze trydenckim (1562–1563), następnie sprawował misję dyplomatyczną nuncjusza w Wenecji (1566–1572), w trakcie której negocjował powołanie Ligi Świętej przeciw Turkom.