W pobliżu licznych jezior występuje typowa dla tego ekosystemu roślinność, zaś w rejonach górskich – także roślinność wysokogórska o charakterze tundrowym.
thumb|Modrzew
Obszary leśne stanowią 52,1% powierzchni regionu. Składają się na to głównie średnia tajga, złożona głównie z drzew iglastych, z domieszką liściastych. Z gatunków iglastych najliczniej występują: sosna, świerk, modrzew i jodła.
Na przybrzeżnych obszarach, zalewanych niekiedy przez rzeki, znajduje się typowa roślinność łąkowa.
Na północy regionu, gdzie tajga stopniowo zaczyna przechodzić w lasotundrę, występują liczne gatunki porostów, stanowiące pokarm dla reniferów.
W poszyciu lasów oraz wśród błot rosną liczne jadalne gatunki roślin. Niegdyś pełniły one ważną rolę gospodarczą, obecnie odgrywają one jedynie rolę w tradycyjnej gospodarce części rdzennej ludności Okręgu. Z gatunków mających znaczenie w tym zakresie najliczniej występują żurawiny, borówki, dzikie porzeczki, moroszki, czeremcha, maliny, głóg i jarzębina.
Na terenie okręgu znajdują się dwa ściśłe rezerwaty przyrody (zapowiedniki): Rezerwat przyrody „Juganskij” i Rezerwat przyrody „Małaja Sośwa”.