W 2001 organizatorzy Wimbledonu przyznali mu za dawne zasługi dziką kartę. Stoczył tam kilka zaciętych spotkań, eliminując kolejno Fredrika Jonssona, Carlosa Moyę, Andy’ego Roddicka, Grega Rusedskiego, Marata Safina i w półfinale Tima Henmana. Odniósł również końcowy sukces, pokonując w pięciu setach Patricka Raftera, stając się pierwszym wielkoszlemowym mistrzem w historii startującym z dziką kartą. Mecz finałowy, ze względu na warunki atmosferyczne, odbył się nie w niedzielę, a w poniedziałek i zakończył się po 5 setach na korzyść Ivaniševicia (9:7 w ostatnim secie dla Chorwata). Na trybunach zasiedli głównie kibice obu tenisistów, co sprawiło, że było kolorowo, niezwykle głośno, z pogwałceniem tradycyjnego kibicowania na Wimbledonie. Dzięki temu triumfowi Ivanišević zagrał w kończącym sezon turnieju ATP Finals, a w rankingu awansował ze 125. na 16. miejsce w klasyfikacji ATP.

Kontuzja uniemożliwiła mu występ w obronie tytułu w kolejnym sezonie, również w 2003 roku zabrakło Ivaniševica na Wimbledonie. Przed turniejem w 2004, nękany od kilku sezonów kontuzjami, zapowiedział, że kończy karierę. Zdołał dotrzeć do 3 rundy, pokonując Michaiła Jużnego oraz Filippo Volandriego.