Pisklęta ważą około 315 g po wykluciu i w pełni pokrywają się piórami, gdy osiągną około 50% masy ciała osobnika dorosłego.

Ciemne upierzenie pingwina cesarskiego przechodzi w brązowe od listopada do lutego (antarktyczne lato), przed corocznym pierzeniem w styczniu i lutym. Pierzenie jest szybkie w porównaniu do innych gatunków ptaków, zajmuje jedynie około 34 dni. Pióra wyłaniają się spod skóry, gdy osiągną jedną trzecią całkowitej długości docelowej i zanim stare pióra są gubione, co pomaga zmniejszyć straty cieplne. Nowe pióra wypychają stare, zanim jeszcze przestaną one rosnąć.

Szansę na przeżycie kolejnego roku przez dorosłego pingwina cesarskiego oszacowano na 95,1%, przy czym średnia długość życia wynosi 19,9 roku. Badania wykazały, że 1% pingwinów z lęgu może dożyć 50 lat. Tylko 19% piskląt przeżywa pierwszy rok od wyklucia. Około 80% populacji stanowią więc osobniki dorosłe, powyżej pięciu lat.