Po powstaniu styczniowym dobra nałęczowskie kupił Michał Górski.
Około 1800 odkryto lecznicze właściwości wód i złoża borowin, a po ich analizie chemicznej w 1817 roku potwierdził je prof. Piotr Celiński z Uniwersytetu Warszawskiego. Wyniki te wykorzystali trzej lekarze-sybiracy: Fortunat Nowicki, Wacław Lasocki i Konrad Chmielewski, modernizując w końcu XIX w. funkcjonujące już uzdrowisko za pieniądze ówczesnego właściciela Nałęczowa – Michała Górskiego. Stworzył on uzdrowisko w dzisiejszym kształcie miasta ogrodu. To on uczynił z Nałęczowa liczący się ośrodek leczniczo-kulturalny. Kuracjuszami byli tutaj m.in. Stefan Żeromski, Bolesław Prus i Henryk Sienkiewicz.
3 grudnia 1961 roku otwarto Muzeum Bolesława Prusa.
W 1963 roku Nałęczów otrzymał prawa miejskie. W latach 1975–1998 miasto należało administracyjnie do ówczesnego województwa lubelskiego.