W Polsce objęty ochroną gatunkową częściową. Na mocy wcześniejszych przepisów objęty był ochroną częściową z wyłączeniem stawów rybackich uznanych za obręby hodowlane (gdzie mógł być zabijany bez specjalnych pozwoleń). Jednak od wejścia w życie nowelizacji ustawy o ochronie przyrody (15 listopada 2008 r.) ten wyjątek był sprzeczny ze zmienionym art. 52 ustawy. W załączniku 2 do rozporządzenia Ministra Środowiska z 12 października 2011 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt Phalacrocorax carbo wymieniony jest jako objęty ochroną częściową, bez wyjątków. W kolejnych rozporządzeniach z roku 2014 i 2016 jego status ochrony nie uległ zmianie. Na Czerwonej liście ptaków Polski został sklasyfikowany jako gatunek najmniejszej troski (LC). Według szacunków programu Monitoring Kormorana, w latach 2013–2018 krajowa populacja lęgowa liczyła 25 767 – 30 066 par.
W 2011 Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie opracowała projekt „Strategii zarządzania populacją kormorana w Polsce”.