Retransmitowany jest serwis informacyjny Radia Watykańskiego. Transmitowane są wszystkie pielgrzymki papieskie oraz cotygodniowa modlitwa Anioł Pański. Radio emituje też m.in. następujące programy: Mogę, chcę pomóc, audycje dla dzieci, Radiowa lektura (cykliczny program, w którym czytane są książki), Muzyka mistrzów (program o muzyce poważnej). W środy przed południem o godzinie 10.30 emituje „Porady kulinarne”, prowadzenie których zainicjowała, około 1992 roku, siostra Leonilla – Teresa Słowik CSSJ.
Struktura oferty programowej Radia Maryja w 2007 roku 44,1% – Religia, 21,5% – Publicystyka i informacje 14,4% – Muzyka 7,2% – Informacje, 3,4% – Audycje dla dzieci i młodzieży, 2,7% – Inne audycje słowne i słowno-muzyczne, 2,4% – Audycje edukacyjne, 1,5% – Literackie audycje i formy udramatyzowane, 1,5% – Poradnicze, 0,6% – Rozrywka.
Zasięg Polska Radio Maryja nadaje z 126 nadajników UKF na terenie całego kraju. Jest ich zdecydowanie więcej niż innych stacji ogólnopolskich, ponieważ nadają one z mniejszą mocą niż stacje komercyjne czy publiczne.