Działalność MPLR wzbudza wiele kontrowersji, często związanych ze stosunkiem Mongolii do ZSRR; frakcja antysowiecka została odsunięta od władzy, zaś część przeciwników partii najprawdopodobniej zginęła. Miało to związek z nastaniem stalinizmu, gdy ster partii objął Chorlogijn Czojbalsan.
Czojbalsan został następnie zastąpiony przez Jumdżagijna Cedenbala, który piastował urząd premiera przez 22 lata. Jego styl rządzenia był łagodniejszy, równolegle z dojściem w ZSRR do władzy Nikity Chruszczowa.
W związku z pieriestrojką w ZSRR również Mongolia zaczęła unowocześniać swój ustrój polityczno-gospodarczy. Na zjazdach MPLR w latach 1988, 1990 oraz 1992 członkowie partii zadecydowali o wprowadzeniu pluralizmu politycznego, reform gospodarczych, a także odrzuceniu filozofii materialistycznej na rzecz tradycji ludowej i buddyzmu. U władzy MPLR pozostała do roku 1996, kiedy to do władzy doszła Partia Demokratyczna, zdobywając 50 na 76 miejsc w Wielkim Churale Państwowym. Pod przewodnictwem Nambaryna Enchbajara partia określiła swoją ideologię jako socjaldemokratyczną. W wyborach 2000 roku MPLR odniosła wyraźne zwycięstwo i powróciła do władzy.