Klub popadł w kłopoty finansowe (z którymi zmaga się do dziś) i musiał sprzedać swoich najlepszych piłkarzy takich jak Macnelly Torres. W 2008 roku zespół również awansował do Copa Libertadores. Klub z departamentu Norte de Santander doszedł do 1/8 finału, gdzie uległ brazylijskiemu Santosowi. Był to ostatni do dziś występ Cúcuty w międzynarodowych rozgrywkach. Po kilku latach przeciętnych występów w lidze krajowej w 2012 roku Cúcuta zajęła przedostatnie miejsce w tabeli spadkowej, co sprawiło, iż klub musiał rozegrać baraże o utrzymanie. Udało się zwyciężyć je pokonując trzynastokrotnego mistrza Kolumbii – Amerikę de Cali w dwumeczu 5:3 (wygrana 4:1 na wyjeździe i porażka 1:2 u siebie) dzięki czemu „La Furia Motilona” pozostała w najwyższej klasie rozgrywkowej na kolejny sezon po którym zakończyła pierwszoligowe wojaże. Na kilka kolejek przed końcem sezonu Torneo Finalización 2013 degradacja piłkarzy z Estadio General Santander wydawała się być przesądzona bowiem klub w tabeli spadkowej zajmował ostatnie miejsce tracąc do premiowanego barażami, przedostatniego sześć punktów.