W 1855 roku matka Małgorzaty została wdową. Małgorzata i jej młodszy brat, Tomasz, spędzili dzieciństwo w Chiablese, skrzydle Pałacu Królewskiego w Turynie. Wkrótce ich matka ponownie wyszła za mąż. Wybrankiem Elżbiety był Nicolò Rapallo. Małżeństwo to nie spodobało się Wiktorowi Emanuelowi II, który postanowił – w ramach kary – uwięzić matkę Małgorzaty w Stresie. Przez pewien czas dziewczynka i jej młodszy brat byli więc oddzieleni od swojej matki.
Małgorzata kształciła się u hrabiny Clelii Monticelli di Casalrosso, która była bardzo surowa. Wkrótce zastąpiła ją jednak inna guwernantka, Rosa Arbesser. Małgorzata nawiązała z nią bardzo bliską więź. Nawet gdy była już dorosła, a baronowa Olimpia Savio zapytała „jak to się stało, że pozostając zawsze w ciasnej (...) atmosferze dworu, (...) wyrosła w tak różnych gustach, instynktach i przyzwyczajeniach”, Małgorzata bardzo duże zasługi przypisywała swojej ukochanej guwernantce.